באתר מונחי האקדמיה יש כ־120,000 מונחים (רובם מקצועיים ומקצתם מילים מן השימוש הכללי) מתחומים שונים שעסקו בהם ועדות המינוח של ועד הלשון ושל האקדמיה. מונחים שלא נקבעו באקדמיה אינם מופיעים בו גם אם הם משמשים בחיי היום־יום.
המונחים נקבעו ב־240 מילונים ורשימות מונחים שאושרו בוועד הלשון העברית ובאקדמיה ללשון העברית החל בשנת תרע"ב (1912). רוב המילונים והרשימות פורסמו בדפוס. מילונים אחדים שאושרו בשנות התשעים של המאה העשרים ומילונים רבים שאושרו משנת 2000 ואילך פורסמו אך ורק באתר מונחי האקדמיה.
אתר מונחי האקדמיה הועמד לרשות הציבור לראשונה בתמוז תשס"א (יולי 2001). בשנת תשע"ח (ינואר 2018) נחנך אתר חדש.
האתר חושף לפני הציבור מונחים שהיו נסתרים בפינות נידחות: פורסמו בפרסומי ועד הלשון ("זכרונות ועד הלשון", הגיליונות הראשונים של כתב העת "לשוננו") ובמילונים שאזלו. עתה הם נגישים לכל מתעניין. לדוגמה: הרשימות מונחי גני הילדים (תרע"ב), המונח מַשְׁחֵן (כימיה, תרפ"ח), גַּלְגִּלַּיִם (=קורקינט; התעמלות, תרצ"ז).
המזכירות המדעית של האקדמיה ומדור המחשוב של האקדמיה שוקדים כל העת על קליטת מילונים חדשים שאושרו באקדמיה ועל שיפור האתר לטובת המעיניים.
מאגר המונחים אינו מילון. יש בו רק מונחים מן המקצועות שעסקו בהם ועדות המינוח. אין בו אפוא מילים נפוצות (כגון הפעלים אכל, חיכה, ישן; השמות קבצן, מדרשה, סכך, נפלא, מקסים). כמו כן יש מקצועות שלא נקבעו בהם מונחים (למשל רוקחות, אדריכלות).
רשימות המונחים במקורן שונות זו מזו בדרך העריכה ובפרטי המידע הכלולים בהן. ארגון המונחים במאגר ממוחשב היה כרוך בהאחדת דרך ההצגה של המונחים ובוויתור על מקצת הפרטים שהיו במקור, כגון מיון לפי נושאים ומונחים לועזיים שאינם באנגלית.
המאגר אינו עשוי מקשה אחת: המונחים שבו נקבעו לאורך עשרות רבות של שנים שבהן השתנתה העברית שינויים ניכרים. המונחים נקבעו בוועדות שונות ובמקצועות שונים. לא פלא אפוא שהמעיינים באתר ימצאו כנגד מונח אחד בלועזית מונחים שונים בעברית וההפך.
לעיתים ההבדלים נובעים מהחלטה מודעת לשנות מונח מיושן במונח חדש. במקרים אלו מובא בהערה מיוחדת המונח התקני החדש או המונח המעודכן, ואילו המונח במילון מסומן כמונח מיושן. ראו לדוגמה: 'ממעך', 'תמסיר', 'קימום'.
לעיתים השוני במונחים נובע מהבדלי משמעות במקצועות שונים. במקרה כזה ימצא המעניין חלופות עבריות אחדות. לדוגמה:integrity .
רוב המילים במאגר אינם חידושי לשון, והם לקוחים מן המילון העברי הכללי. מקצת חידושי הלשון נולדו בוועדות האקדמיה, כגון יעפת, קדימון, מהלום, ומקצתם אומצו מן הציבור, כגון חייזר, מבואה, מגדר, יושרה, פיתוח בר-קיימה.
ויש שהחידוש אינו אלא גאולה של מילה מן המקורות, כגון עיצומים, פונדה, צוער, שיחור.
לרוב אין המונחים באים בלוויית הגדרות. עם זאת במילונים אחדים ניתנו הגדרות למונחים מטעם אנשי המקצוע, והן מובאות בסוגריים מרובעים לאחר המונח (בסוגריים מרובעים מובאות גם הרחבות אחרות, כגון עניינים לשוניים).
במזכירות המדעית של האקדמיה ללשון שוקדים כל העת על עדכון ותיקון של המאגר:
היחידות הבסיסיות של המילונים הם מונחים – מונח עברי ומונח לועזי מקביל. המונח יכול להיות בן מילה אחת או צירוף מילים.
דוגמאות למונחים בני מילה אחת: אַקְוָה, דִּמּוּת; panel , skateboard .
דוגמאות לצירופי מילים: אֵזוֹר תִּפְעוּל, דּוּ-עָלוּם, יְחִידַת עִבּוּד מֶרְכָּזִית; reaching out, open air museum.
לעיתים יש כמה מונחים חלופיים:
כאשר המונחים החלופיים נרדפים בא פסיק ביניהם. לדוגמה:
במילונים של עשרות השנים האחרונות – המונחים הלועזיים הם באנגלית. בשמות בעלי חיים וצמחים ובאנטומיה – בא כנגד המונח העברי מונח לטיני.
במילונים מימי ועד הלשון – המונחים הלועזיים הם בלשונות אירופיות שונות: גרמנית, צרפתית (ואף רוסית ויידיש).
בשלב זה הוכנסו למאגר רק המונחים באנגלית ובלטינית.
בחיפוש מונחים מתקבלות שתי רשימות:
א. רשימת המונחים (מילים יחידות וצירופים)
הרשימה כוללת מונחים המכילים את המחרוזת שהוקלדה, מונחים שאחת מן המילים שלהן גזורה מן השורש שהוקלד (אם יש שורש כזה).
ב. רשימת הערכים התואמים למחרוזת שהוקלדה.
אם הוקלדה מילה בכתיב מלא מתקבלים מונחים מתאימים (המוצגים בכתיב הדקדוקי שלהם).
בחירת מונחים וערכים: אפשר לבחור מונח מסוים, כמה מונחים או את כל המונחים; אפשר לבחור את אחד הערכים המוצגים ודרכו להגיע לתוצאות.
בתוצאות החיפוש תתקבל רשימה של קטעים מתוך המילונים שבהם כלול המונח שנבחר או המונחים הקשורים לערך שנבחר – מן החדש לישן.
הקטע מוצג בתוך מלבן, ומכיל את הנתונים האלה:
כאשר המונח מיושן (כתוב באפור או מסומן ב-) יופיע מתחת לקטע המונח המעודכן.
כאשר יש למונח חלופות לא תקניות (מילה לועזית, מילה רווחת בציבור, מילת עגה, מונח מיושן) – הן יופיעו מתחת לקטע.
אפשר לסנן את התוצאות לפי תחום ידע (מתוך כעשרים תחומים).
אפשר להציג את התוצאות בכתיב מלא.
כל אחד מן המילון הוא רשימת מונחים במקצוע מסוים שהוכן בועדה מוועדות המינוח המקצועיות ואושר בוועד הלשון ובאקדמיה.
המילונים משויכים לכ־90 נושאים ולכ־20 תחומי דעת.
אפשר לבחור את המילון ישירות מתוך הרשימה המלאה או בהקלדת שם המילון (אם ידוע שמו) או לאחר סינון תחום הידע או תחומי הידע המבוקשים.
עם בחירת המילון המבוקש מוצגים כל הקטעים הכלולים במילון לפי הסדר שבו פורסם המילון.
פרטי המילון מובאים הפרטים הביבליוגרפיים המלאים, ההקדמה למילון וקישור לסריקה של המילון המודפס (עתידי).
במילון הנושא את השם שימוש כללי באים המונחים שאושרו במליאת האקדמיה מטעם הוועדה למילים בשימוש כללי לפי שנות אישורם
במילון הנושא את השם מונחים יחידים באים מונחים שאושרו במליאת האקדמיה מטעם ועד המינוח ולא במסגרת רשימת מונחים מקצועית.